Dinâmica Molecular de Proteínas
Esse é o MP8 em água. MP8 é um peptídeo pequeno derivado do citocromo C. Ele tem o grupo HEME ligado por duas cisteínas e uma histidina. Por causa do átomo de Ferro, ele pode ganhar ou perder um elétron. O MP8 é um bom composto de referência para simulacões de proteínas maiores contendo um ou mais grupos HEME. A imagem foi extraída do trabalho de Cruzeiro, Amaral e Roitberg. O Prof. Marcos S. Amaral contribuiu nesse trabalho durante, e depois, de seu afastamento para estágio pós-doutoral na University of Florida. Na ocasião, foram implementadas novas funcionalidades no código do Pacote Computacional AMBER (usado para simulacões por Dinâmica Molecular etc). Atualmente, uma acadêmica do curso de Ciências Biológicas da UFMS, Isabela Bicalho, vem estudando o MP8 e o citocromo C usando o AMBER e essa metodologia proposta nesse artigo, sob orientacão do prof. Marcos S. Amaral do Instituto de Física / UFMS.
Mais informações, no Link: https://publishing.aip.org/publishing/journal-highlights/simulating-biomolecules-just-got-faster-and-more-accurate
Apoio Financeiro: CNPq (bolsa PDE) e FUNDECT.
Agradecimentos: INFI-UFMS
Contato para informacões complementares: marcos.amaral@ufms.br